Fue perseguida en algunos tiempos, particularmente por los poderes encolumnados tras la Iglesia Católica Apostólica y Romana, que no comprendió que la Masonería estaba comprometida en la búsqueda de la libertad del hombre como meta suprema y que no buscaba ningún poder terrenal ni sustituir a la Iglesia.
Las siguientes son las bulas papales mediante las cuales la Iglesia persiguió a la Masonería:
“In Eminenti Apostolatus Specula” de Clemente XII del 24 de abril de 1738. (Sobre esta encíclica se basó Felipe V en l740 para legislar en contra de los masones, ejemplo que se imitó en el Real Decreto del 2 de Julio de l751 y otras sucesivas medidas de las autoridades españolas hasta hace algunos años, en que el gobierno franquista condenaba el “delito de Masonería” con una pena mínima de doce años de prisión);
“Próvidas Romanorum” de Benedicto XIV del 14 de Mayo de l751.”
“Ecclesiam a Jesu-Christo” de Pio VII del 13 de Setiembre de l821”
“Quo Graviora” de León XII del 13 de Mayo de l825”
“Traditi Humilitati Nostrae” de Pio VIII del 21 de Mayo de l829.
“Mirari Vos” de Gregorio XVI del 15 de Agosto de l832.
“Qui Pluribus” de Pio IX del 9 de Noviembre de l846
“Syllabus” de Pio IX del 9 de Noviembre de l846.
“Multiplicer Inter” de Pio IX del 21 de Setiembre de l865.
“Apostolicae Sedis” de Pio IX del 12 de Octubre de l869
“Etsi Multa” del Pio de 21 de Noviembre de l873.
“Humanum Genus” de León XIII del 20 de Abril de l884, seguida de una instrucción pública del Santo Oficio “De Secta Massonum” del 7 de Mayo de 1884, “Proeclara” del 20 de Junio de l894, “Annum Igressi” del 18 de Marzo de l902, sin contar la declaración hecha oficialmente el l9 de Marzo de l950, a través de las columnas del Osservatore Romano, en el sentido de que las condenaciones a la Masonería se mantienen en toda su integridad.
Cabe mencionar que a través de las bulas del 30 de Enero de l816 del Papa Pío VII y las del 24 de Setiembre de l824 y 10 de Febrero de 1825 de León XII, la Iglesia condenaba a los Movimientos Libertadores de América, e indirectamente a la Masonería.